ggtree怎么读入文件

更新时间2018-10-08 09:06:14

进化树的可视化软件非常多，其中R包 ggtree 功能非常强大，非常灵活，简单记录自己的学习笔记第一步：使用 mafft 比对氨基酸序列mafft --auto ggtree_pra_2.fasta > ggtree_pra_aligned.fasta第二步：使用 FastTree 构建最大似然树./FastTree ggtree_pra_aligned.fasta > ggtree_pra.tree(以最简单的方式完成建树过程，因为主要目的是获得树文件来进行ggtree的学习，实际的建树过程应该比这个复杂的多，自己还有好多地方需要进一步的学习)getwd()#查看当前工作路径setwd("../Python_practice/a_kind_of/")#更改至树文件所在路径library(ggtree)#加载ggtreetree<-read.tree("ggtree_pra.tree")#读入树文件ggtree(tree)#绘制进化树（以上就是最基本的步骤）
作者：牧羊的男孩儿
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使用磁盘操作系统命令读入文件

用java软件来读

https://www.baidu.com/link?url=bxAbtPUXb1McRVzBhIxME0t9vnrcS9tvUjnFGI6dXgwU0regw7sT2f8Tzw39m_qhG2S3nD80RhJgSGNCKEvUZ_&wd=&eqid=c3235d710001b123000000025bb7930c

https://www.plob.org/article/12853.html

直接绑定数据源吧

你可以用java软件来读入

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