如何做核苷酸同源性比较，据遗传距离绘生物进化树

更新时间2018-07-12 17:31:55

由于进化上或个体发育上的共同来源而呈现的本质上的相似性，但其功能不一定相同，如狗的前肢和鸟的翅。

从分子水平讲则是指两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度。

虽然同源性须通过序列测定来检验，但是DNA-DNA或DNA-RNA杂交可提供有价值的估计。

有了遗传距离，怎么进行UPGMA得出进化树

MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。

用MEGA构建进化树有以下步骤：

1、测序：

将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。

2、NCBI上做Blast

找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSATA格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹）