更新时间2018-05-16 17:34:11
首先，主合同要成立。如果有两个补偿协议，新的补偿协议的效力优先，通常在协议中做出说明。
原合同应当属于竣工，根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。新的补充协议应视为新合同，双方可以就新合同做出约定。
“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同。
“补充协议”的内容应当是主合同的非主要内容，也可以说是非主要条款。如果是主合同的主要条款没有约定或者约定不明确，主合同不成立也不生效，那么谈不上“协议补充”。根据《合同法》第61条、第62条以及《合同法》总则、分则和其他法律法规的规定，影响主合同成立的必备条款有三：即当事人条款、标的条款和数量条款。这些条款没有约定或者约定不明确，主合同不成立。主合同不成立，谈不到生效，更谈不上履行。此时，“补充协议”没有存在的前提。当事人对没有约定或者约定不明确的必备条款达成的协议，不是“补充协议”而是一个“新协议”，对“新协议”中的非主要条款没有约定或者约定不明确的，才有“补充协议”存在的前提和基础。根据《合同法》第61条和第62条规定，“补充协议”是对主合同中没有约定或者约定不明确事项补充的首选方式，即当事人对于主合同中的上述内容没有约定或者约定不明确的，法律首先赋予当事人“协议补充”。只有不能达成“补充协议”，才能按照主合同条款进行体系解释或者按照当事人之间的交易习惯进行补充。只要上述方式之一就能补充主合同中没有约定或者约定不明确的事项，就不能适用第62条规定的任意性规范。
根据您的追问：
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，法院不予支持。系争工程虽未办理竣工验收手续，但已投入使用，即视为验收合格。这之后又对竣工验收做了新的约定，并且将竣工验收作为支付工程款的前提条件，新的补充协议应视为新的合同，应当和原合同没有从属关系。
没有验收就使用，肯定不合法
原则上只有竣工验收后才能使用，不管新协议怎么约定，违规了。
这两份协议都没有法律效力。因后者是在前者本就违背协议的基础上再行的协议，故没有任何法律效力。是违法的还要被追究责任。
以最新的协议为准
后来达成的补充协议具有优先的法律效力。
都是违法的，没有效力优先之说
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